在第二次新吉恩(ēn )战(zhàn )争(zhēng )、别(bié )名(míng )“夏(xià )亚(yà )的(de )叛(pàn )乱(luàn )”终(zhōng )结(jié )后,地球圈取得了短暂的和(hé )平(píng )。 这(zhè )之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少(shǎo )年(nián )巴(bā )纳(nà )吉(jí )·林(lín )克(kè )斯(sī )遇(yù )见(jiàn )了(le )自(zì )称为奥黛丽·本的少女(实(shí )为(wéi )旧(jiù )吉(jí )恩(ēn )公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化(huà )为(wéi )一(yī )片(piàn )火(huǒ )海(hǎi )。巴(bā )纳(nà )吉(jí )和(hé )同(tóng )伴(bàn )一(yī )边避难一边寻找着奥黛丽(lì ),而(ér )出(chū )现(xiàn )在(zài )他(tā )面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后,一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……